1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)
一、研究意义Ras蛋白家族是多种细胞信号通路的开关,参与调节细胞增殖、凋亡、分化等过程[1]。
研究表明,RasGRP1对于T细胞的生长和发育有着重要的作用。
RasGRP1作用于T细胞受体的下游,是介导Ras活化的必需蛋白质。
2. 研究的基本内容和问题
一、研究目标本项目基于前期长白、大白猪免疫应答高通量RNA-Seq测序结果,选取猪RasGRP1的基因作为抗性相关的候选基因,挖掘和鉴定RasGRP1基因在长白猪及大白猪SNP位点,分析其相关作用,进一步验证该基因对于猪免疫应答的影响。
二、研究内容1)选取适龄长白、大白猪。
采用基因组提取试剂盒提取DNA。
3. 研究的方法与方案
一、研究方法本实验基于前期RNA-seq测序结果,在差异表达基因的结果中选出效应显著的候选基因猪RasGRP1基因。
对RasGRP1基因外显子区域进行PCR扩增,得到猪RasGRP1全部外显子片段,利用PCR产物直接测序,获得基因序列,并对比筛查到RasGRP1基因的功能SNP位点,利用PCR产物直接测序技术对猪资源群体进行SNP基因分型,统计分析其与猪免疫应答的相关。
二、技术路线(1)RNA-Seq 结果→筛选出RasGRP1基因→设计引物扩增外显子片段→SNP筛查(2)长白猪、大白猪资源群体基因组提取(3)SNP筛查;长白猪、大白猪资源群体基因组提取→产物直接测序进行SNP群体分型→相关分析→RasGRP1基因对免疫应答的相关影响三、实验方案以猪基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增猪RasGRP1基因的外显子序列,然后进行测序,比对找出功能SNP位点,再通过PCR产物直接测序技术鉴定群体中每个个体的基因型,最后进行性状关联分析。
4. 研究创新点
通过对RasGRP1基因功能SNP位点的筛查与鉴定,从而了解RasGRP1基因与免疫应答的相关性作用,为进一步标记辅助选择培育具有免疫抗性的猪新品系提供理论依据和科学参考。
5. 研究计划与进展
2017.10~2017.12:候选基因RasGRP1筛选、文献综述、引物设计与合成。
2018.02~2018.03:RasGRP1基因鉴定,PCR扩增、测序、寻找功能SNP位点、相关分析。
2018.04~2018.05:数据的整理,毕业论文的书写与完成、毕业答辩。
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